1. 高效的内容管理：自动化的eCTD管理软件可以确保在同一个位置找到与提交和产品注册相关的所有文件、数据和其他资料。仪表板、检查清单和分析将实时显示每个项目的状态，从而简化流程，确保满足错综复杂的最后期限要求。
2. 存档与检索功能：
存档功能：
文件存储：eCTD将药品申请中的所有文件以电子形式存储，包括文本、图像、表格等，减少纸质文档使用，降低存储成本，方便长期保存。
结构化存储：采用层级结构存储文件，组织清晰有序，有助于监管机构快速定位所需文件，提高审批效率。
版本管理：支持版本管理，企业可轻松更新、替换或删除文件，确保申请文件一致性和最新性。
安全性：采用数字签名、加密等技术，确保文件在存储和传输过程中的安全性，防止文件被篡改，保障申请合规性。
检索功能：
全文检索：支持全文检索功能，监管机构可在整个申请文件中快速查找关键词，定位相关内容，提高审批效率，减少人为失误。
层级检索：层级结构使监管机构可从宏观到微观逐级检索文件，例如从模块1的概述开始，逐级查看各个子文件夹和文件，快速了解整个申请基本情况。
条件筛选：提供条件筛选功能，监管机构可根据特定条件（如文件类型、创建时间等）筛选出所需文件，提高检索效率。
跨模块检索：允许监管机构在各个模块之间进行检索，便于关联分析不同模块的信息，例如在审评临床研究报告时，可快速查看质量模块中相关药物的制备过程。
3. 数据验证与标准化：
例如美国食品药品管理局（FDA）要求研究数据使用特定标准（如SDTM、ADaM、SEND、Define
XML等），eCTD系统会对提交的数据进行验证，确保其符合相关标准要求。不符合规范的申请，FDA可以拒绝受理（RTF）或拒绝接收（RTR）。
每个研究，作为新数据集提交的同一类型的数据集不能超过一个，并且非临床数据人口数据集（DM）和define.xml必须在第4部分提交；临床数据DM数据集、研究对象分析数据集（ADSL）和define.xml必须在第5部分提交等。
4. 审计追踪与日志管理：eCTD系统具备完善的审计追踪功能。系统记录所有用户的操作日志，包括登录时间、访问内容、操作类型等详细信息。这些日志采用防篡改技术存储，可以作为事后的审计依据。监管机构可以通过审计追踪功能，查看制药企业的提交历史、修改记录等信息，确保整个提交过程的透明性和可追溯性。系统还提供实时告警功能，当检测到异常操作时，会立即向管理员发送告警信息。
